Главным действующим лицом фантастического боевика "Исходный код" становится военнослужащий Колтер, с которым случается мистическое событие. Он выполняет очередное задание в горячей точке, и вдруг неведомым образом его разум перемещается в вагон обычного поезда. Он оказывается в теле незнакомого человека. Капитан Стивенс не в состоянии понять, что произошло. Он начинает обдумывать сложившуюся ситуацию, но ему мешает ужасный взрыв, внезапно прогремевший в непосредственной близости от него. Бомба полностью ликвидирует объект и уничтожает бравого солдата.
После странного инцидента ключевой персонаж приходит в сознание в загадочной капсуле. При помощи компьютерных технологий с ним налаживает контакт симпатичная девушка по имени Коллин. Она доводит до сведения молодого человека, что он является участником экспериментальной программы. Проект заключается в том, чтобы восстановить последние 8 минут жизни требуемой личности. Команда профессиональных исследователей принимает решение использовать героя картины в корыстных целях. Военному приходится периодически переживать смерть незнакомцев ради того, чтобы выяснить, что те делали перед кончиной.