В центре мультипликационного фильма "Мэри и ведьмин цветок" находится прелестная девчушка, которая без ума от любимого домашнего питомца. Она обожает заботиться о симпатичной чёрном коте, носящем забавную кличку Тиб. Животное отвечает взаимностью добродушной владелице и стремится защищать её в случае возникновения на то острой необходимости. Зверек пригласил хозяйку на прогулку и показал интересное местечко, где росло удивительное растение. Рядом с ним она приметила метлу. Любопытная юная особа уселась на неё верхом и моментально взлетела в воздух. Она перенеслась к порогу примечательного образовательного учреждения, в стенах которого обучаются сообразительные ведьмочки.
Главная героиня заинтересовывается волшебной школой, где преподают колдовство. Но вскоре ей становится известно о том, что ученики проводят эксперименты над несчастными представителями животного мира. Она принимает смелое решение помочь четвероногим созданиям выпутаться из передряги и спасти их жизни. Несовершеннолетняя красавица отважно возвращается в опасное место в надежде уберечь подопытных и восстановить утраченную справедливость. Она делает все возможное для того, чтобы освободить пленников.