Действие картины "Миссия: невыполнима 2" начинается с известия о том, что русский учёный смог создать вакцину от гриппа. В ходе проведения дальнейших опытов был разработан вирус, превратившийся в смертельное биологическое оружие. Нехорвич справедливо опасался того, что препарат попадет в нежеланные руки, поэтому незамедлительно связался с американским правительством с намерением поместить его в безопасное место. Его планам не суждено было случиться. Выдающегося исследователя взяли в плен члены криминальной группировки. Бандиты расправились с Владимиром и его помощником. Амброуз выкрал опасное средство с целью угрожать человечеству расправой в случае неповиновения.
Разобраться с негодяем был послан Итан Хант. В своё время парень прошёл через ряд испытаний и понимает, что способен справиться с любым заданием. У него появляется строгий начальник, следящий за каждым шагом своенравного подчинённого. Новый шеф требует неукоснительного соблюдения правил. У ключевого персонажа имеется очаровательная спутница жизни, стремящаяся поддерживать его в трудных ситуациях. Однако враги тоже не сидят без дела, и планируют ликвидировать неугодного им спецагента ЦРУ.