Сюжет приключенческого боевика "Чёрные воды" крутится вокруг специалиста широкого профиля, спецагента по имени Скотт Уилер. Продолжительное время он работал на американское правительство и блестяще выполнял особо важные задания. В процессе реализации очередной операции возникают серьёзные проблемы. Он наталкивается на конкурирующую сторону, которая хитростью обезвреживает главного героя. Преступники вводят в его тело большую дозу снотворного. Он приходит в сознание в незнакомом месте и обнаруживает возле себя неизвестного человека.
Ключевой персонаж выяснил, что находится на подводной лодке. Сбежать из запертого помещения практически невозможно. Ситуация усугубляется тем фактом, что секретный агент потерял память. Марко не оставляет его в беде и выручает товарища. Совместными усилиями ребята пытаются выпутаться из затруднительного положения и разгадать сложную головоломку. Вскоре мужчина понял, что оказался в плену не просто так. Бывшие коллеги предали его доверие. Ему становится известно о том, что его возлюбленная трагически скончалась. Отважный парень не намерен прощать обидчиков и собирается отомстить злодеям за смерть избранницы.
