Действия остросюжетной исторической аниме-драмы «Самурай Икс» развиваются в Японии. Многолетняя Гражданская война, именуемая историками Реставрация Мэйдзи, исходом которой становится триумф проимперской партии над приверженцами сегуна, только что завершилась. На смену устаревшему строю приходит парламент и страна начинает переживать реформирование, перекраивающее её на общеевропейский лад — западная одежда, крестьяне получают права, развиваются торговые отношения. В центре повествования находится Химура Кэнсин — молоденький самурай, по прозванию Палач Баттосай, добросовестно служивший правителю многие годы. Однажды молодой человек осмысливает то, что он не в состоянии продолжать убийства и добровольно оставляет государеву службу, направляясь странствовать по городам, чтобы оказывать помощь нуждающимся. Таким способом воин, который не может обрести покой, старается искупить грехи прошлого. С этого времени герой повествования устраивается жить при гимназии, в которой преподаёт боевые искусства девушка с именем Камия Каору, а меч он теперь носит с заточкой на оборотной стороне этого холодного оружия. Со временем возле Кэнсина сосредоточиваются люди, так же пребывающие в поисках себя, и у каждого из примкнувших за плечами имеется своя безрадостная жизненная история. Однако вопреки тому, что новая жизнь персонажа тесно переплелась с девицей, обучающей молодёжь искусству боя, тени минувшей войны не покидают молодого человека и давние прегрешения напоминают о себе...
