Действие полнометражной картины "Годзилла" берет начало в 1999 году. Выдающейся команде исследователей удается отыскать на Филиппинах ценный артефакт - скелет неопознанного объекта. После проведенного обследования находки становится понятно, что он скончался около двух миллионов лет назад. Тем временем гениальный инженер отправляется с важной миссией в Токио. Он путешествует вместе с любимой супругой и ее группой. Неожиданно случается непредвиденное. Из-за ужасного землетрясение оборудование выходит из строя. Джо приходится принять непростое решение и пожертвовать женой и ее людьми ради спасения жителей населенного пункта. В результате АЭС, на котором он трудился, полностью уничтожается.
Спустя продолжительное время после трагедии отпрыск главного героя возвращается в родные края. Он пытается встретиться с отцом, но ему рассказывают о том, что тот поехал в карантинную зону. Мужчина не сомневается в том, что станцию разрушил не природный катаклизм. Он старается убедить сына в том, что на свободу вырвалось гигантское существо, способное ликвидировать всех представителей человеческой расы. Несмотря на недоверие граждан, ключевой персонаж принимается искать доказательства собственной правоты.